Energy Nexus met en œuvre une mécanique de grille hexagonale où la proximité spatiale détermine les possibilités de mouvement. Contrairement aux grilles carrées traditionnelles, la topologie hexagonale crée six directions de mouvement potentielles par cellule, obligeant les joueurs à calculer le cheminement à travers les espaces occupés et vides avant d'exécuter les opérations de glissement.
Le système de fusion fonctionne sur un seuil de quatre éléments : lorsque quatre types d'énergie identiques occupent simultanément la grille, ils se combinent dans le niveau de progression suivant. La chaîne d'éléments à huit niveaux suit Bolt, Vortex, Orb, Wave, Data, Crystal, Core et Burst, chaque niveau nécessitant une planification stratégique exponentiellement plus importante pour être atteint.
La progression des lieux utilise un modèle d'accumulation d'énergie où chaque fusion de quatre éléments contribue à une barre basée sur des pourcentages. Atteindre 100 % déverrouille l'environnement suivant, chacun présentant des thèmes visuels distincts tout en maintenant les mécaniques hexagonales de base. Le Mode Infini supprime la limite de progression, permettant un jeu stratégique infini axé sur l'obtention d'éléments Burst de niveau maximum et de réactions en chaîne prolongées.