Energy Nexus implementa meccaniche di griglia esagonale dove l'adiacenza spaziale determina le possibilità di movimento. A differenza delle griglie quadrate tradizionali, la topologia esagonale crea sei potenziali direzioni di movimento per cella, richiedendo ai giocatori di calcolare il percorso attraverso spazi occupati e vuoti prima di eseguire operazioni di trascinamento.
Il sistema di fusione opera su una soglia di quattro elementi: quando quattro tipi di energia identici occupano contemporaneamente la griglia, si combinano nel livello di progressione successivo. La catena di otto livelli di elementi segue Bolt, Vortex, Orb, Wave, Data, Crystal, Core e Burst, con ogni livello che richiede una pianificazione strategica esponenzialmente maggiore per essere raggiunto.
La progressione delle location utilizza un modello di accumulo energetico dove ogni fusione di quattro elementi contribuisce a una barra basata su percentuale. Raggiungere il 100% sblocca l'ambiente successivo, ognuno con temi visivi distinti mantenendo le meccaniche esagonali di base. La Modalità Infinita rimuove il limite di progressione, consentendo un gioco strategico infinito focalizzato sul raggiungimento di elementi Burst di livello massimo e reazioni a catena estese.